胃内容物长期刺激食管粘膜就会引起其发生变化，也就是进入癌前病变。在食管粘膜修复的过程中，鳞状上皮被柱状上皮取代称之为Barrett食管，是食管腺癌的主要癌前病变，导致肿瘤的出现，如食管下段腺癌、贲门癌，我国贲门癌的发生率较高，目前认为与胃食管反流的长期刺激有关系。胃食管反流病的临床表现呈多样化,轻重不一,较为典型的症状为：烧心、反酸。
    多数患者烧心的感觉是不一样的，绝大多数患者主要表现在胸骨后或心窝部感觉到一种灼热感，还有一部分患者感到胸骨后的疼痛，有的还会向上延伸，另外极个别的患者还会有压榨感和憋闷感。常在饭后1小时出现，卧位、弯腰或者腹压增高时可加重。
    反酸是患者在没有恶心、呕吐或不用力的情况下，胃内的酸性物质反流涌入口腔。
烧心和反酸每个人的感受和症状描述都是不一样的，有一项调查表明，人群中大约30%-50%的人都有过烧心和反酸的情况。另外怀孕的妇女约25%的人都有烧心和反酸的症状。
    其它不典型的症状有胸骨够疼痛，酷似心绞痛，咽部不适，有堵塞感、异物感或棉团感等。