胃内容物长期刺激食管粘膜就会引起其发生变化，也就是进入癌前病变。在食管粘膜修复的过程中，鳞状上皮被柱状上皮取代称之为Barrett食管，是食管腺癌的主要癌前病变，导致肿瘤的出现，如食管下段腺癌、贲门癌，我国贲门癌的发生率较高，目前认为与胃食管反流的长期刺激有关系。
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