结肠镜检查能直接观察到粘膜的表现，结合活动组织的病理学检查，是本病最有意义的诊断方法。因为溃疡性结肠炎的病变多累及直肠和乙状结肠，故用乙状结肠镜检查，多数病例都能解决诊断问题。若用纤维结肠镜观察全部结肠，可以确定病变范围，阳性率更可提高。

    病变初期，在内溃镜下可见弥漫性的炎症，粘泌充血、水肿。由于水肿，粘膜光泽度及透明度降低，有不同程度的增厚感觉，因此血管走行的清晰度减低，粘膜拭之易出血。随着病情得进展，可见小黄色斑点即陷窝脓肿，脓血性分泌物增多。炎症加重使粘膜面粗糙呈颗粒状，陷窝脓肿加重，随即形成多数糜烂与溃疡。糜烂破损处粘膜中心凹陷，基底鲜红或被脓性分泌物所覆盖，周围因充血而略隆起。溃疡大小不等，一般在0.5厘米左右，溃疡之间残存的粘膜因水肿而成岛状突起，即形成所谓的假息肉；一部分病例表现为溃疡间残存的粘膜萎缩，称萎缩性大肠炎。对于重症及暴发型溃疡性结肠炎的病人，结肠镜检查有引起穿孔的危险，故应暂缓此项检查。