相对而言，儿童肛瘘较少，但出生后3个月的婴儿，以及未满1周岁的幼儿，也常会出现肛门肿痛、化脓的情况。由于小儿肛瘘管道较为短浅，排脓后症状可很快减轻，并多数可自愈，部分患儿随年龄增长而自愈，因此，一般主张不行手术治疗。
对此，应对症处理，每日清洁肛门并坐浴，适当使用抗生素及外用药膏，消炎消肿，控制和减少脓肿的发生，加速自愈。对反复发作不能自愈的患儿，要择期至能承受手术时，再进行手术治疗，手术年龄以5～10岁为宜，对于低龄幼儿患该病的原因，以及自愈的原因，尚不明了。
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