尿石症的主要病因为钙磷代谢紊乱以及其他因素。而患者对代谢紊乱方面比较关心。虽然尿结石的形成与代谢紊乱两者之间的关系仍无最终结论，但是经过医学科研人员多年的研究认为钙磷代谢紊乱可引发：高钙尿、高草酸尿、高尿酸尿、胱氨酸尿、黄嘌呤尿、低枸橼酸尿等。具体病因可分为：
(1)高钙尿：高血钙、甲状旁腺功能亢进、原发性远端肾小管酸中毒、髓质海绵肾、类肉瘤病、维生素D中毒、乳碱综合征、长期卧床、Cushing''s综合征、甲亢、特发性高钙尿(吸收性高尿钙)。
(2)高草酸尿：原发性高草酸尿、维生素B6缺乏等。
(3)高尿酸尿：痛风、高尿酸血、高尿酸尿、白血病、真性红细胞增多症、先天性酶缺陷(如糖原贮疾病)、舞蹈手足徐动症等。
(4)胱氨酸尿：属遗传性缺陷。
(5)黄嘌呤尿：是常染色体隐性遗传的嘌吟代谢紊乱。
(6)低枸橼酸尿：碱中毒、甲旁亢、维生素D中毒、酸中毒、低钾血症、尿路感染。
此外，患者因某种病而大量服用维生素D、维生素C、皮质激素、氨苯喋啶、四环素、阿司匹林等可引发肾结石。溃疡患者服用硅酸镁可形成硅酸盐结石。青光眼患者服用乙酰唑胺可形成磷酸钙过饱和而引发结石。服用磺胺类药物，由于乙酰衍生物由肾脏排泄，在酸性尿中溶解度低，所以导致有些患者形成结石。
