甲氨喋呤副作用有恶心、呕吐、口腔溃疡、腹泻等胃肠道症状，脱发、肺炎、转氨酶升高、肝纤维化及白细胞减少、血小板减少、全血细胞减少、皮疹等。其中大多数副作用都较短暂而且较轻，无须改变或中断治疗。需注意的是肝毒性，国外曾有报道，用甲氨喋呤治疗13年后，其累积剂量达8828毫克时，轻度肝纤维化的发生率为24％，但肝硬化少见。另有报告，肝毒性的发生率在甲氨喋呤总量超过1．5克病人中，肝损害的发生率0．1％左右。故目前一般倾向于当甲氨喋呤总量超过1．5—2克后，若出现转氨酶升高，或其他的肝功能异常表现，应做肝组织活检。但是否要常规进行肝穿刺，目前尚有很大争议。此外，甲氨喋呤及其代谢产物主要从肾脏排出，故长期使用应注意对肾脏的副作用，但一般较轻微，与非甾体类抗炎药并用时则应多加注意。

　　目前，国内外学者都认为，叶酸或亚叶酸与甲氨喋呤同时使用，可减少甲氨喋呤的毒副作用而不影响其疗效，如每日服1毫克叶酸，可减少黏膜皮肤副作用。

　　甲氨喋呤的副作用不比其他慢作用药高，肝损伤(包括肝坏死、肝硬变)副作用过去似乎强调过度，并非很多见，多出现于大量长期应用后，凡慢性肝病病人应用本药时，应密切随访肝功能。有肾损害病人及孕妇不宜应用。