附子生用有毒，经用辅料甘草和黑豆煎煮加工后，可祛除其毒性。生首乌有生津润燥、滑肠通便等作用，但经黑豆汁蒸煮后，却有补肝肾、益精血、乌须发的功能。
各种不同药酒所取的药材不同又有各自不同的加工要求。如冯了性药酒，在制作过程中，有些药厂用加热蒸制的方法，这不仅有利于药汁和有效成分的摄取，而且对丁公藤还有去除毒性的作用。因丁公藤在初蒸时有一股腥臭气散发出来，这就是毒性的外泄，经蒸一小时后，逐渐转变为芳香，示毒性除尽，对冯了性药酒的使用，更为安全有效（注2）。又如虎骨酒中的虎骨，非常坚实，成分难于溶出，而且制酒时加热时间又不能太长，为了避免损失贵重的虎骨，可先熬成虎骨胶，再将胶溶于酒中。
至于《神农本草经》中说到：“药性有宜酒渍者，亦有不可入汤酒者，并随药性，不得违越”。说明有些药物不宜入酒，此观点后世很少提及，还当作进一步研究。如中国医学科学院肿瘤研究所对16种药酒中致突变物质作了初步检测，其中12种药酒不含有致突变物质，但有4种药酒含有致突变物质（注3），虽然这些致突变物质不是二甲基亚硝胺以及二乙基亚硝胺，但也应引起重视。致突变物质大多可能来自药材贮存中受到的污染，或制备工艺流程中混进了致突变物质(包括原料酒中的致突变物质)，但也不排斥对某些药材本身是否适应作为药酒成分进行研究。
(三)制备工艺 传统以浸渍法和渗漉法为主，也包括其它方法。浸渍法包括冷浸法、热浸法及恒温法，使用时应当根据药料性能分别处理。有些有效成分容易浸出的单味，或味数不多的药物，或挥发性较强的药料，可用冷浸法。如果药料众多，酒量有限，用冷浸法的有效成份又不易浸出，就应当选用温浸法。
冷浸法，将药材切制后，置于容器内，按规定加酒，密封浸泡，一般每日搅拌1次，7日后，改为每周搅拌1次，通常浸泡15天以上，然后取上清液，药渣压榨，压榨液与上清液合并，静置过滤即得。
热浸法 即《本草纲目》中的煮酒精将药物切制后，置于适宜的容器内，按配方加入适量的酒，密闭容器，隔水加热至沸后立即取下，换注到另一个容器内，继续浸泡至规定时间(一般需1个月以上),然后取上清液，药渣压榨后取压榨液，与前取的上清液合并，静置沉淀，过滤即得。
渗漉祛 将药材切制后事先浸泡，待适度膨胀后，装入渗漉筒中。渗漉筒是一种上面敞口，下有渗出口的筒状装置。酒自上流入，缓缓渗过药粉，从下端渗出口流出。该法因酒液的流动，可造成良好的浓度差，有利于扩散的进行，所以浸出的效果优于浸渍法，成分提取也较完全。但是，遇酒即易软化结团的药物，会阻塞溶媒所通过的缝隙，则不宜采用该法，但大多数药材可采用。
使用渗漉法时应注意：药材切制加工不可过细；装药粉时，填装压力应均匀，不能过紧或过松；渗漉筒中药粉以装至容积的2/3为宜，不可装满；注入酒液前，要先打开渗出口的阀栓，以排出气体；还要掌握适当的渗漉速度。一般漉液达到所需量的3/4时，便可停止渗漉，取药渣进行压榨，然后将压榨液与渗漉液合并静置，滤取上清液即得。
目前有些人认为，浸渍法、渗漉法都存在药渣吸液问题，若用压榨法索取效果较差。渗漉法的药渣吸液与浸渍法基本相同，但药物有效成分，在药渣中的停留量随着渗漉操作条件和时间(速度)的不同而不同。由于渗漉时间长，带来乙醇和芳香味的散失，对药酒质量有影响，所以主张用浸渍——渗漉——洗涤——甩干的方法制备药酒，可以减少有效成分的损失，稳定药酒的质量（注4）（注5）。具体方法是：取药材粗末，用较高含醇量的白酒(比成品规定含醇量高10%左右，用量为处方用药量的50～60%)浸泡约2～3周，浸液另器保存。药渣用与成品规定含醇量相同的白酒或糖酒液渗漉(用量为处方用酒量40～50%)，漉液与前液合并。药渣以一定量的蒸馏水洗涤，洗液与前液合并。药渣置离心机内甩干，甩下来的药液与前液合并，过滤。滤液静置、澄清得成品。
加药酿制法 是古代常用方法，近代较少应用。这种方法以米、曲加药，直接发酵成酒。根据处方备好适量的糯米或黄粘米、曲和药材，米以水浸泡，令吸水膨胀，然后再蒸煮成干粥状，再冷却至30℃或略高一些，然后再加入事先已加工好的药材，曲米，拌均后置缸内糖化发酵。发酵过程中，必须保持适当温度，如温度升高搅拌，使温度降下来，并可排出二氧化碳，供给酵母氧气，促进发酵。约7～14天，发酵即可完成，然后经压榨，过滤取澄清酒液，酒液盛入存贮容器后，应隔水加热至75℃——80℃，以杀灭酵母及杂菌，保证质量和便于贮存。
古人采用此法时，有的先用水煎药取液，候冷渍曲，待发后再加入蒸好的饭发酵成酒。
加药酿制法，可制备低度药酒，在其制法、使用效果等方面有研究的价值。
无论用那种方法制备药酒，其容器必须确保其不与药材和酒起化学反应，一般以陶瓷、玻璃等制品为宜，不宜使用含铅较多的锡合金器具，以免过多的铅溶进酒中危害健康。容器应有盖，既可防止酒的挥发，又可保持酒的清洁。
药酒在制备过程中，还可根据各品种的不同特点，加一定量的矫味着色剂，以方便患者服用，缓和药性，提高制剂质量。目前使用主要是食用糖(包括红糖、白糖、冰糖)和蜂蜜。湖北蕲春地区用真菌竹黄(别名：竹花、竹三七)作药酒天然着色剂，色泽鲜艳而无任何不良反应及毒副作用，是一种发展方向。
(四)澄清 药酒是药材经白酒浸渍，渗漉或回流所得的含醇液体，药材被白酒浸取时，不但药材本身的细微碎屑及一些沾附于药材表面的泥屑杂质会混入浸出酒液内，而且药材细胞破裂后，粘液质、树胶、淀粉、蛋白质等一些大分子物质也混入浸出酒液内，使成混悬液。其中一部分粒子，经一定时间便沉淀于容器底部。所以药酒在作为成品装灌之前，都必须作澄清过滤处理，去除悬浮和沉淀物。过去药酒澄清是将酒和药材密封于大缸中，静置一两个月，使其自然沉淀，然后取其上面的清液过滤后灌瓶出售。现在有的单位使用蛋白质沉淀法，采用新鲜蛋清为沉淀剂，利用蛋白质与鞣质在酒中充分反应，形成鞣酸蛋白沉淀的原理，除去沉淀（注6)。这种方法的优点是药酒澄明度较高，成品稳定性好，味醇厚而爽。但是，影响药酒中蛋白澄清效果的因素较多，所以操作要求十分严格，特别是蛋白用量一定要根据先小量预试，确定后再批量进行。对一些有效成份可以与蛋白质反应产生沉淀的药酒则不宜采用此法。
随着健康事业的发展，对药酒生产的卫生要求也越来
