一直以来，外科医师往往认为，HIV感染者不适宜接受移植手术。近年来，一些移植中心已经开始接受健康情况稳定的HIV感染者进行肝脏或肾脏移植手术。根据来自美国的3项研究和来自法国的1项研究中共34例肾移植和17例肝移植患者的临床数据，研究人员得出结论，器官移植可以被视作HIV感染者的治疗选择之一。
在经过1年以上的随访之后，研究人员发现，HIV阳性患者移植手术后的转归与HIV阴性患者移植后术后的转归十分相似。更为重要的是，用于控制排斥反应的免疫抑制药物对HIV的进展没有产生影响。
但是，研究人员补充说，处理好抗排斥反应药物和抗逆转录病毒疗法（HAART）治疗艾滋病的方法是一个巨大的挑战。移植小组的成员们认识到药物是能够相互作用而且是具有毒性的,他们必须在使用抗排斥反应药物和抗HIV药物之间找到正确的平衡。如果使用过高剂量的抗排斥反应药物抑制免疫系统，HIV感染就有可能恶化。但如果抗排斥反应药物剂量过低，移植器官就会受到排斥。
外科医师正在看到越来越多的HIV患者需要肝脏或肾脏移植，因为高活性HAART使HIV感染者能够生存更长的时间而没有HIV相关的并发症。但是对于患有肝病的HIV感染者而言，较长的寿命也可能使其慢性肝病进展到终末肝功能衰竭期。部分HIV感染者因为HIV感染或使用对肾脏具有毒性的抗逆转录病毒药物，而进展到肾脏衰竭的终末期。
在美国的费城，2%～5%的肾透析患者有HIV感染。Hahnemann大学的人体研究人员进行了20例肾移植。研究中的一例患者由于血管排斥反应而导致移植失败。排斥反应产生的原因是由于一种抗排斥反应药物与HAART疗法中一种药物的相互作用，使得抗排斥反应药物很难获得抗排斥反应所需的治疗效力。Kumar医师说，在移植手术一年之后，17例患者仍然生存，而且这些患者体内的病毒载量一直维持在极低水平或者是探测不到的水平。
法国Paul Brousse医院的Samuel医师说，抗排斥反应药物tacrolimbus和蛋白质抑制剂之间的相互作用引起了一例患者的急性排斥反应,而使另一例患者体内的tacrolimbus达到毒性水平。在这家医院中，有6例携带HCV的HIV感染者接受了肝脏移植。其中有一例患者死于肝功能衰竭，剩下的5例患者在移植手术后的1年仍然生存。这些患者体内的HIV水平是可忽略的，而且有显著生活质量的改善。
美国匹兹堡大学在一项纳入7例肝移植患者和4例肾移植患者的研究中探讨了药物相互作用与药物毒性的问题。这些患者使用的免疫抑制剂主要是tacrolimbus和类固醇激素。其中有一例患者使用了雷帕霉素（rapamycin）。Jain医师报告说，研究人员观察到一例肝移植患者严重的排斥反应。这例患者服用了tacrolimbus作为抗排斥反应药物，同时使用了HAART疗法，后者包括一种蛋白酶抑制剂。相反，包括核苷逆转录酶抑制剂和非核苷逆转录酶抑制剂的治疗方案对另外4例肾移植患者和6例肝移植患者仅产生了较小的影响。
在美国加利福尼亚大学圣弗朗西斯克分校，医师对4例肝移植和10例肾移植的HIV感染者进行了手术。HIV病毒载量在所有使用抗逆转录病毒疗法的患者体内一直处于检测不到的水平。Stock医师说，患者中唯一一例死亡者是一位15岁的儿童，其死因是丙型肝炎的急性发作。与服用非核苷逆转录酶的患者相比较，服用蛋白酶抑制剂的患者只需服用25%剂量的抗排斥反应药物环孢素。对于这些患者，研究人员没有发现任何HIV的显著进展或HIV对移植器官功能的不良反应。
