人类为了生存的需要，在自然界到处觅食；久而久之，也就发现了某些动物、植物不但可以作为食物充饥，而且具有某种药用价值。原始阶段，人们还没有能力把食物与药物分开。食物与药物合二而一的现象就形成了药膳的源头和雏形。故有“药食同源”之说。
自文字出现以后，甲骨文与金文中就已经有了药字与膳字。而将药字与膳字联起来使用，形成药膳这个词，《后汉书.列女传》载有“母亲调药膳思情笃密”之句。《宋史.张观传》还有“蚤起奉药膳”的记载。而药膳一词出现之前，我国的古代典籍中，已出现了有关制作和应用药膳的记载。《周礼》中记载了“食医”。食医主要掌理调配周天子的“六食”、“六饮”、“六膳”、“百馐”、“百酱”的滋味、温凉和分量。食医所从事的工作与现代营养医生的工作类似，同时书中还涉及了其他一些有关食疗的内容。《周礼.天官》中还记载了疾医主张用“五味、五谷、五药养其病”；疡医则主张“以酸养骨，以辛养筋，以咸养脉，以苦养气，以甘养肉，以滑养窍”等。表明了我国早在西周时代就有了丰富的药膳知识，并出现了从事药膳制作和应用的专职人员。成书于战国时期的《黄帝内经》载有：“凡欲诊病，必问饮食居处”、“治病必求其本”、“药以祛之、食以随之”。并说：“人以五谷为本”，“天食人以五气，地食人以五味”，“五味入口，藏于肠胃”，“毒药攻邪，五谷为养，五果为助，五畜为益，五蔬为充，气味合而服之，以补精益气”。《山海经》中也提到了一些食物的药用价值：“枥木之实，食之不老”。
秦汉时期药膳有了进一步发展。东汉末年成书的《神农本草经》集前人的研究载药365种，其中大枣、人参、枸杞、五味子、地黄、薏苡仁、茯苓、沙参、生姜、葱白、当归、贝母、杏仁、乌梅、鹿茸、核桃、莲子、蜂蜜、龙眼、百合、附子等，都是具有药性的食物，常作为配制药膳的原料。汉代名医张仲景的《伤寒杂病论》、《金匮要略方论》进一步发展了中医理论，在治疗上除了用药还采用了大量的饮食调养方法来配合，如白虎汤、桃花汤、竹叶石膏汤、瓜蒂散、十枣汤、百合鸡子黄汤、当归生姜羊肉汤、甘麦大枣汤等。在食疗方面张仲景不仅发展了《黄帝内经》的理论，突出了饮食的调养及预防作用，开创了药物与食物相结合治疗重病、急症的先例，而且记载了食疗的禁忌及应注意的饮食卫生。汉代以前虽有较丰富的药膳知识，但仍不系统，为我国药膳食疗学的理论奠基时期。
唐代名医孙思邈在其所著的《备急千金要方》中设有“食治”专篇，至此食疗已开始成为专门学科，其中共收载药用食物164种，分为果实、菜蔬、谷米、鸟兽四大门类。孙思邈的弟子孟诜集前人之大成编成了《食疗本草》。这是我国第一部集食物、中药为一体的食疗学专著，共收集食物241种，详细记载了食物的性味、保健功效，过食、偏食后的副作用，以及其独特的加工、烹调方法。
宋元时期为食疗药膳学全面发展时期。官方修订的《太平圣惠方》专设“食治门”，记载药膳方剂160首，可以治疗28种病症，且药膳以粥、羹、饼、茶等剂形出现。元朝由饮膳太医忽思慧所编著的《饮膳正要》为我国最早的营养学专著，首次从营养学的观点出发，强调了正常人应加强饮食、营养的摄取，用以预防疾病，并详细记载了饮食卫生、服用药食的禁忌及食物中毒的表现，颇有见解。
明清时期是中医食疗药膳学进入更加完善的阶段，对于药膳的烹调和制作也达到了极高的水平，且大多符合营养学的要求。《本草纲目》给中医食疗提供了丰富的资料，仅谷、菜、果3部就收有300多种，其中专门列有饮食禁忌、服药与饮食的禁忌等。
中国药膳食疗起古至今，源远流长；自宫廷到民间，广为传播。药膳食疗学自古以来，就是
