菌痢可分为急性，慢性及中毒型3种临床类型。过去将急性菌痢又分为典型与非典型2种。症状少及轻症者列入非典型菌痢。这种分法不确切，造成误诊率较高，菌痢以外的一些感染性腹泻，均可表现为“非典型菌痢”，所以，在1987年卫生部制定的“感染腹泻诊断标准”中，已去掉了这一分类。急性与慢性菌痢的区分是人为的，将病程较短的称急性，较长的称慢性，长期以来大家公认又经卫生部统一规定的界线是病程2月，病程迁延不愈2月以上者称慢性菌痢。中毒型菌痢指的是菌痢患者，伴有呼吸循环衰竭或呼吸窘迫综合征者。
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