流腮病毒具有两种抗原，一种是病毒颗粒抗原——“V”抗原，即外膜抗原。它具有感染性，与致敏的红细胞吸附可起凝集。另一种为可溶性抗原——“S”抗原。此抗原无感染性，但有早期诊断价值。机体感染流腮病毒后，对2种抗原产生相应的抗体。S抗体出现早，病后2周达高峰，持续时间短。V抗体产生稍晚，5—6周达高峰，并维持一定水平至数年。属中和抗体，病后为持久免疫。免疫球蛋白抗体G可通过胎盘，对新生儿有保护作用。从母亲获取的这种被动抗体随儿童年龄增长而逐渐下降，至3—4岁降至最低。国外学者利用荧光标记的抗免疫球蛋白G、免疫球蛋白M及免疫球蛋白A抗血清检查，观察在起病后3月内的增减情况，免疫球蛋白G在起病时滴度较高，3月内持续下降，免疫球蛋白M抗体也很快出现，2月后滴度下降，免疫球蛋白A抗体的出现也是暂时的，于病后1月下降。

　　有人观察到本病病后除了全身性抗体以外，还有局部抗体。如果耳下腺局部抗体很低，一旦遇到流腮病毒进入口腔，经腮腺管直接侵入腮腺时可引起腮腺炎症肿痛，而不产生病毒血症(因血内有一定量的抗体)及一系列其它临床表现。