流腮病毒通过飞沫传播侵入口腔粘膜及鼻粘膜后经病毒血症，定位于腮腺、颌下腺、舌下腺、胰腺及性腺等腺体，有时侵犯神经组织及体内其它器官。主要病变为腮腺的非化脓性炎症改变，表现为腮腺腺体及其周围组织充血、肿胀及水肿，被膜上可见点状出血，腺泡细胞呈混浊肿胀或坏死碎解；腺体间质有浆液纤维素性渗出物和淋巴细胞、单核细胞及少量中性粒细胞的浸润。腮腺水肿，管腔中有坏死的上皮细胞脱落堆积，因而阻塞了唾液正常排出，潴留于腺体内，淀粉酶即经淋巴系统注入血液，血液中淀粉酶量因此增多，故可从尿中排出。受到腮腺病毒侵犯的睾丸曲细精管上皮充血显著，有出血斑点及淋巴细胞浸润，间质有水肿及浆液纤维蛋白性渗出物。受病毒波及的胰腺呈充血、水肿，胰岛可有轻度退化及脂肪性坏死改变。