流腮病毒对神经系统的损害，是除唾液腺外最常见的。多见于儿童，因小儿经系统发育不完善，免疫功能差，故发病率高。其临床表现主要有以下几种。

　　(1)脑膜炎、脑膜脑炎、脑炎：以脑膜炎最为多见。在不同流行中其发病率为11%一100%。一般认为只要作腰穿检查脑脊液，65%患者有改变。但其中只有一半患者有明显的临床脑膜炎表现。脑膜脑炎较少，约占8%一13%，脑炎仅偶见。

　　(2)颜面神经炎：流腮可伴有颜面神经损害，有人解释为耳下腺发炎压迫的结果，但也有报告面神经损害发生在损害腺体的对侧。同时有很明显的腮腺肿大也不伴有面神经损害。也有报告可在流腮脑炎中见到颜面神经损害表现。

　　(3)脑室管膜炎：急性期流腮病毒性脑炎可引起脑室管膜炎以致造成导水管狭窄及脑积水。

　　(4)中耳损害：流腮可引起一侧或双侧耳聋，以单侧为多。在美国有3%一5%的听力障碍与流腮有关。

　　(5)共济失调：共济失调为一征候群，可见于各种传染病。流腮时的共济失调除小脑共济失调外尚有前庭共济失调。前者几乎没有眩晕，患者倾倒、摔跋无一定方向。后者主诉为眩晕，倾倒方向固定，身体向左右侧方摔倒。共济失调可受视力纠正，睁眼时较轻，闭眼时严重。

　　在颅神经损害中还可见到眼神经不全麻痹及视神经炎，其它神经系损害还有脑血管炎，上升性脊髓炎及多发性神经根炎等。