流腮病毒主要侵犯消化系统的唾液腺及胰腺，偶有引起肝炎的报道。在3对唾液腺中，首先及经常被侵犯的是腮腺。其原因首先因为这些部位有双重感染(淋巴及血行)的来源，且腮腺管口直接开放于口腔，较易被病毒直接侵入。许多学者、还证明人的唾液腺中含有一种具有中和本病毒血凝素及抑制其发展能力的物质——抑制素。67%的健康孩子在3—4岁时唾液都能够中和本病毒的血凝素，其滴度为1：20，成人为1：97，对本病不敏感的动物，如狗的唾液中其抑制素为1：1440，比成人还高15倍。这种对流行性腮腺炎病毒活性有抑制作用的唾液抑制素，可以认为是一种非特异的自然的抗病毒抗体，故临床症状的轻重也可能与口腔内抑制素含量多少有关。而人类唾液分泌这种抑制素的能力是不同的，腮腺分泌的唾液中抑制素的活性要明显地低，在含量上也比其它唾液腺分泌的平均值要低10倍。