大多数急性菌痢发病一周以后，体内产生免疫力，症状逐渐好转，经过二周左右的病程自行痊愈。在磺胺药与抗生素的治疗下，绝大多数均恢复健康。
影响预后的因素有菌型，志贺氏痢疾杆菌产生内毒素与外毒素，毒血症及肠道症状较重，并发症较多。婴幼儿特别是营养不良的小儿预后差。临床为何种类型及毒血症程度如何影响预后，如一毒型菌痢；如抢救不及时，往往造成死亡。预后还与治疗情况和病程有关，如治疗不及时、不彻底易转为慢性，而慢性菌痢治疗效果并不理想。
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