菌痢与阿米巴痢疾均可出现腹痛、腹泻、脓血便，所以易混淆，两者治疗药物不同，鉴别十分重要。临床鉴别见表2。
表2 急型菌痢与阿米巴痢疾的鉴别
鉴别项目急性菌痢急性阿米巴痢疾
流行病学 全身症状 腹泻 里急后重 腹部压痛 大便肉眼观察 大便显微镜检查 大便培养 乙状结肠镜检查 灭滴灵治疗 氟哌酸治疗流行性 重 频 显著 左下腹 量少 脓血便以脓为主 色鲜红 白细胞满视野或红、白 细胞满视野，有吞噬细 胞，无阿米巴滋养体及 特殊结晶 痢疾杆菌阳性 病变弥漫，溃疡表浅 疗效不显 疗效明显散发性 轻 轻 轻或无 右下腹 量多 脓血便以血为主 色暗红或果酱样 红细胞满视野或红、白细 胞满视野，少见吞噬细 胞，有阿米巴滋养体及有 夏科雷登氏结晶 溶组织阿米巴原虫阳性 溃疡深，溃疡间粘膜正常 疗效明显 疗效不显细菌性痢疾
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