脑膜炎奈瑟氏菌的血清学分型可以归纳成两种类型：一种是根据脑膜炎奈瑟氏菌染色体去氧核糖核酸限制性内切酶指纹图，可以将其分成不同型；另一种是通过该菌的外膜蛋白和脂多糖的血清学分型。限制性内切酶去氧核糖核酸指纹图比后者的分型方法更灵敏，重复性更好，对不同型和同型的菌株皆可区别。这种具有分子基因水平的指纹图分型方法在菌株鉴别或流行病学调研上均具有重要意义。例如对流脑B群15型进行分型，该型菌株至少可以分成2至3个型的指纹图。其中1型和2型指纹图是侵袭性菌株模式的典型代表；3型可能属于B15型的带菌菌株。当比较1型和2型指纹图时，可见2型图中缺少一条大约是1.5千碱基对的带。1型与2型指纹图的相同处说明2个型来自同—祖先；不同之处则代表长期进化过程中所引起的变异。用亨特(H5nd)小和伊考(EcoR)I内切酶消化所形成的指纹图，在培养基上传几十代后仍完全一样，可以看出这种分型方法的稳定性。流行病学调查发现：同房间密切接触患者的菌株具有完全相同的指纹图；而其它房间末接触现患者的带菌者，从其咽部所分离到的菌株，与患者的指纹图可以完全不一样。采用“指纹图”，可协助我们判别流行菌株及其变异，顺藤摸瓜找出各菌株的流行特点和规律，寻找出始发病例和各地区各次流行间的内在联系。

　　指纹图的制作是先用蛋白水解酶将该菌裂解，用酚/氯法提取去氧核糖核酸，再用限制性内切酶亨特Ⅲ或伊考I消化去氧核糖核酸，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳来分离去氧核糖核酸片断，再用溴化乙锭染色，用紫外光照像以后，不同的基因指纹图肉服就可看见。