口蹄疫感染动物的临床表现，取决于多种因素，如动物的易感性和病毒的致病性等等。易感性又取决于动物的种属、品种、性别、年龄和生理状态等；病毒的致病性又与它的遗传学和表型特性有关。尽管动物是易感性有较大的差别和流动毒株特性不一致，但是多样性的临床表现可以分为一些特征类型的综合病症状。

　　典型口蹄疫的症状是发热和在口腔粘膜和乳房以及蹄部皮肤上出现水泡。典型口蹄疫又可呈良性、恶性或并发症性经过。对新生幼畜的特征是无鹅口疮性的急性和最急性心股炎经过，通常以死亡结局。同样，还可能见到亚临床感染经过。

　　口蹄疫特征表现为急性经过阶段。分为潜伏期、前驱期和临床期，最终康复或死亡。病毒侵入机体至早期症状出现前，为潜伏期，通常为2－3日，有时可达7日，特殊病例可短至12－14小时或延长至14－21日。潜伏期是口蹄疫病毒 在侵入部位及动物机体内扩增期。

　　前驱期的特征是食欲降低、沉郁，不甚明显地体温升高和奶产量减少。但有时缺乏上述症状或不易被发现。

　　充分发展的临床特征是出现典型的水泡。经过12－36小时水泡破溃，局部呈鲜红色的糜烂面。此时体温升高、浓郁、步态紧凑或者跛行，脉搏和呼吸次数剧增，奶量下降和动物体质降低。

　　恶性口蹄疫最重要的是心脏活动遭受破坏，往往最后心肌衰竭，迅速死亡。也有随着临床症状的发展，个别牲畜延至5－7日的病例。

　　新生幼畜的特征是病毒引起的心肌炎，通常迅即死亡。

　　口蹄疫的并发症常是在患部组织上出现细菌性的化脓－坏死过程。有时表现为多层状的化脓性皮炎或部分角质壳的剥离，腱鞘炎，乳腺炎和胃肠炎等。病期延长者可出现心脏病、内分泌病（胰腺、肾上腺等疾患）和不育症。一般这类动物最终由于生产能力低下而被淘汰。

　　根据本病的特性和临床表现的延续性可分为急性和亚急性经过。急性经过持续一至数日，出现典型的临床症状。亚急性经过可持续2－3周，出现特征的临床症状，但往往不甚严重，如果动物很快康复，就认为是良性经过。在个别情况下，取决于外界环境不良因素（气压低，高温）以及机体抵抗力弱和病毒毒力强，可呈现恶性口蹄疫经过，以高度的死亡率为特征。