1岁以内的婴幼儿很少患菌痢，诊断必须十分慎重。出现血便时，注意与下列疾病鉴别：肠套叠、坏死性小肠炎、肠息肉、鼠伤寒沙门氏菌肠炎、出血性大肠杆菌肠炎、脆弱杆菌性肠炎。

　　在治疗上，应正确选用有效而安全的抗痢药，某些常用抗菌药物，对婴儿副作用比成人明显，如磺胺增效剂对儿童血象的抑制较严重，成人发生率在1%以下，小儿尤其是1岁以内小儿可达10%一20%，故不宜应用。庆大霉素对儿童的耳毒性明显，有人统计，庆大霉素是儿童致聋的主要药物。比较安全有效的是头孢氨噻肟与氟哌酸。

　　临床上还有一个常常遇见的问题是菌痢诱发消化吸收功能下降，腹泻迁延不愈，继发营养不良。最有效的治疗是调整饮食，以脱脂奶混合米汤喂养，初以1：2低浓度小量开始，逐步提高脱脂牛奶含量及增加总量，2—3天内恢复至正常饮食。