尖锐湿疣应与扁平湿疣-二期梅毒疹鉴别。后者往往伴有其他梅毒症状，病损呈扁平状，病变部可查到梅毒螺旋体，梅毒血清反应强阳性。根据临床表现不难诊断。必要时需作活检除外癌。
尖锐湿疣的组织结构呈树支状，表面覆以鳞状上皮，角质层略增厚，多为角化不全细胞，棘细胞层显著增厚、水肿。真皮内有慢性炎症细胞浸润。
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