在电镜下HCV为55nm直径的球形颗粒，去包膜后为33nm直径的核壳蛋白包括的核心部分，内含单股正链RNA基因组。基因组两侧分别为5’ 编码区和3’非编码区。各自编码不同功能的蛋白质。

        根据核苷酸序列同源程度，可将HCV分为若干个基因型和亚型。一般分为6型。基因型分布具有明显地域性。中国大陆北方以2a型为主，南方以1b型为主。

        HCV是多变异的病毒，在同型各株间，甚至同一患者不同时期分离的克隆之间亦有差异。基因序列的差异，将导致编码产物抗原型的不同。在制备试剂方面有实际意义。