急性丙型肝炎属于治疗对象，及时治疗可防止慢性化。所有慢性丙肝病人，最好都有治疗的机会，但目前只有一部分经过选择的才适合干扰素治疗。
主要的适应症是易发展的肝硬化的高危病人，临床上ALT持续或反复增高、HCV-RNA阳性、肝活检有汇管区或桥转纤维化、或至少有中等程度炎症和坏死。另一组ALT增高，肝活检仅有轻度坏死炎症，没有纤维化的病人，是否应立即治疗，还不清楚，或许可以追踪观察，每隔3-5年再作一次肝活检后决定。小于18岁和大于60岁的病人，不推荐用干扰素治疗。
对于ALT正常的HCV感染病人，现有资料并不证明干扰素有好处，反而可引起ALT增高，故暂不予治疗。有吸毒或酗洒者，需停止吸毒或禁酒6个月后才可进行治疗。慢性丙肝合并HIV感染者，如病情稳定，临床和免疫功能良好者，可按照上述的剂量和疗程用干扰素治疗。
病人如有严重忧郁症的病史、血细胞减少、甲状腺机能亢进、肾移植和自身免疫病，均应作为禁忌症。
